O intestino grosso reúne as condições para ser fecundamente colonizado. Por isso, 90% das bactérias intestinais residem no intestino grosso e no ceco.

Bactérias anaeróbias obrigadas: 99% (100:1 - 1.000:1)
- Bacilos gram-negativos	Bacteroides: 30%
- Bacilos gram-positivos	Bifidobactérias: 25%Eubactérias Clastridium
- Cocos gram-positivos	PeptoestreptococoPeptococo Ruminococo
Bactérias aerotolerantes: <0,1%	(1:1.000)
- Enterobactérias- Enterococo - Estafilococo - Lactobacilos	E. coti

Ecologia intestinal

O trato gastrintestinal é o principal reservatório de bactérias. Em uma superfície de 200 m², o corpo humano alberga cem trilhões de microrganismos, quer dizer, dez vezes mais que o número de células que possui o corpo humano. A mais alta concentração de bactérias se encontra no cólon.

Considera-se o tubo digestivo e as populações microbianas que hospeda como formadores de um ecossistema altamente integrado, com múltiplas inter-relações. Toda modificação de um e outro de seus componentes é suscetível de perturbar o equilíbrio e o funcionamento do conjunto do ecossistema, com as consequências fisiológicas e patológicas que isso pode originar.

O desenvolvimento normal da microflora intestinal durante a infância pode dividir-se em quatro diferentes fases:

- A aquisição inicial de microrganismos no momento do parto.

- A época da lactação.

- O início da alimentação complementar.

- Início da dieta do adulto.

A distribuição dos microrganismos varia em concentração e composição nas diversas zonas ao longo do trato gastrintestinal.

A maior quantidade de bactérias (90%) reside no intestino grosso e no ceco. 40% do peso das fezes humanas correspondem a microrganismos que se localizam na luz intestinal, não se incluindo os microrganismos que estão intimamente unidos ao epitélio intestinal ou residem nas criptas da mucosa intestinal.

O intestino grosso reúne as condições para ser fecundamente colonizado: relativa desidratação, com diminuição do efeito de lavagem, baixo peristaltismo, pH próximo à normalidade e grande eliminação de muco, que facilita a adesão e nutrição das bactérias.